在鲜黄菜中含有一种中秋水仙碱的成分。它本身无毒，在胃肠中吸收缓慢，但进入人体后，很容易被氧化为二秋水仙碱，这种物质有剧毒。人中毒后主要表现为恶心、呕吐、咽喉不适、腹痛、腹泻、头痛、头痛等症。而干黄花是将鲜黄花蒸煮后经晒干脱水而成，秋水仙碱成分受到破坏，所以，食用干品是较安全的。
新鲜黄花菜根部和花中含秋水仙碱，不宜鲜食。它进入人体后会被氧化成二秋水仙碱，这种物质毒性很大，对消化系统和呼吸系统有强烈的刺激作用。吃时要用手将黄花菜剥开，把里面花蕊全部去掉，然后清水冲洗干净放在旁边晾着备用。最后锅中烧开适量凉水，当水沸腾时倒入洗好的黄花菜，焯水两三分钟捞起放在冷水中浸泡，吃时随取，吃不完的可晾干放冰箱保存。
新鲜黄花菜绝对不能生吃，众所周知新鲜的黄花菜中含有秋水碱这种毒素，开花的黄花菜必须摘除其花蕊。其次黄花菜的秋水碱遇热易分解，且易溶于冷水，因此可焯水去除毒素，焯水时间不宜过长，两三分钟即可，以免时间太长导致口感降低、营养流失。
焯完水后要将其老其放在冷水中浸泡，用百分之十的盐水浸泡最好，浸泡一小时左右，这样一来，鲜黄花菜中的秋水碱就大大 降低了， 可放心食用，吃时随取随吃，吃不完的不要一直浸泡着，要捞起彻底晾干 然后放在冰箱保存。
