含有毒生物碱
鲜黄花菜的花和根中含有一种有毒生物碱，其中花蕊中含毒素最多。吃后可能引起食物中毒，引起恶心、呕吐腹痛、腹泻等症状。鲜黄花菜吃之前需先去除毒素，所以吃干黄花菜更保险，因为干制过程中可破坏其中含的毒素。
鲜黄花菜的花和根中含有一种有毒生物碱。人食用后在体内容易氧化产生有毒的二秋水仙碱而引起中毒。研究发现，成人食用50-100g鲜黄花菜（其中含有0.1-0.2mg秋水仙碱）后，会出现急性中毒症状，表现为口渴、咽干、恶心、呕吐等，严重者会出现血便、血尿等。
秋水仙素（Colchicine autumnale)为秋水仙属多年植物，生长在低湿的草地上。全草含有秋水仙碱，被食入后，秋水仙碱被氧化为二氧化秋水仙碱，侵害中枢神经和心脑血管系统，从而导致神经麻木和内脏器官出血。是一种生物碱。最初是从百合科植物秋水仙球茎里提取而得名的。纯秋水碱呈黄色针状结晶，熔点157℃，易溶于水、乙醇和氯仿，味苦。
食用鲜黄花菜前一定要先经过处理，去除秋水仙碱，由于秋水仙碱具有较好的水溶性，可以讲鲜黄花菜在开水中烫漂一下，然后用清水充分浸泡、冲洗，使秋水仙碱最大限度地溶解在水中，此时在烹调可保证安全。秋水仙碱不耐热，大火煮10min左右就能被破坏。
