在職研究生和全日制研究生的區別，主要表現在4個方面：學習方式上的不同、報考方式的不同、獲得的證書不同、考試形式不同。比較而言，在職研究生更適合在職人員進修學習。報考在職研究生的考生能夠在兼顧日常工作的同時，利用業餘時間學習相關專業課程。
1、學習方式上的區別
這是在職研究生與全日制研究生最明顯，最容易理解的區別。全日制研究生就是需要脫產，週一至週五在校完成學習，所有在職研究生學習時間都安排在週末或者是節假日，甚至一些課程不用面授，直接遠程授課，透過網絡來學習。相比較的話，在職研究生的上課方式更爲靈活。
2、報考方式不同
在職研究生報考方式主要有兩種方式:同等學力申碩和非全日制研究生。同等學力申碩，先入學後考試。符合資格的學生可先參加在職訓練班，然後參加申碩考試。非全日制研究生，入學前考試後。需參加12月聯考和學校複試，成績優秀的學生可以進入他們喜歡的大學。全日制研究生和非全日制研究生的報考過程是相同的。
3、獲得的證書不同
雖然兩者同屬於國民教育系列。一般而言，在職研究生順利透過考試，在畢業後只可獲得碩士學位證書，而全日制研究生在畢業後可同時獲得碩士學位證書和學歷證書。而且和在職研究生的碩士學位證書是不能和全日制研究生相比的，因爲證書含金量不一樣。
4、考試形式多樣
相對於全日制研究生來說，在職研究生參加考試的形式比較多，像一月聯考和五月同等學力申碩考試，在職研究生都可以參加，而且難度沒那麼大。而全日制在職研究生考試只有一種，就是國家統一舉辦的每年一月份的研究生考試，最重要的是，這種考試有很大難度，且由於報考人數中多，競爭不小。
