简要回答
其实男朋友说谢谢你也许是被感动到了，也许是教养好形成的习惯。说谢谢其实是比较正常的现象，能对爱的人说谢谢的，比一般的爱更爱。
也可能生活中大家很少会和自己爱的人说谢谢，所以当男朋友说谢谢你的时候会觉得奇怪，那男朋友说谢谢你有什么含义呢?
详细内容
应该是你做的某一件事让他感动了，谢谢是一种礼貌。是正常的礼貌而已！没什么别的意思，请你不要想多了。对你的行为表示感谢，喜欢你。
对亲近的人心怀敬意，是我此生最大的温柔。夫报妻以相敬如宾 妻报夫以举案齐眉。
也许是教养好，并不是客气，而且说谢谢是一个好习惯，你也应该学习对他说谢谢（相信这也是他所希望的，因为人都希望别人像自己对别人一样的好）。在男女相处期间，常常会把别人对自己的好当做理所当然，所以应该时刻感谢对方对自己的好，提醒自己除却男女关系你们不过是普通的两个独立的人，他并不亏欠你什么，应该心怀感恩。而且他没有用过谢谢您这样的敬语吧？在语文中用敬语才是客气的很，拉远别人之间的距离。
心理作怪
在我们的意识里，没有人会对自己爱的人说“谢谢”。以前的历史要么是男权社会，要么是女权社会，所以，一直不会有人对会对爱人的付出说“谢谢”，直至现在社会，虽说男女平等，但是我们的思维已经成形了，不会想着去打破。反而，现在对爱的人说谢谢，会让人觉得两个人的关系有点疏远。在我们的意识里，如果两个原本亲密的人做出了不应该是亲密关系应该出现的事情，就好像：对爱的人说“谢谢”，就一定是有问题，应该是感情变淡了。所以，我们都不会对爱的人说谢谢。其实，在家里，对爱的人说谢谢很正常，一点不会觉得不对劲，但是有外人存在的时候，如果不是隐瞒两个人的关系，一定不会说谢谢，这就是心理在作怪。
对爱的人说谢谢有必要，但就是很难说出口，能对爱的人说谢谢的，比一般的爱更爱！
