顯微鏡的使用方法分為四步。第一步是取鏡和安放 ，第二步是對光，第三步是觀察，第四步為整理。
取鏡和安放 ：1.右手握住鏡臂，左手托住鏡座。2.把顯微鏡放在實驗臺上，略偏左(顯微鏡放在距實驗臺邊緣7釐米左右處)。安裝好目鏡和物鏡。
對光:1.轉動轉換器，使低倍物鏡對準通光孔(物鏡的前端與載物臺要保持2釐米的距離)。2.把一個較大的光圈對準通光孔。左眼注視目鏡內(右眼睜開，便於以後同時畫圖)。轉動反光鏡，使光線通過通光孔反射到鏡筒內。通過目鏡，可以看到白亮的視野。
觀察:1.把所要觀察的玻片標本(也可以用印有“6”字的薄紙片製成)放在載物臺上，用壓片夾壓住，標本要正對通光孔的中心。2.轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩下降，直到物鏡接近玻片標本為止(眼睛看著物鏡，以免物鏡碰到玻片標本)。3.左眼向目鏡內看，同時反方向轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩上升，直到看清物像為止。再略微轉動細準焦螺旋，使看到的物像更加清晰。
整理:實驗完畢，把顯微鏡的外表擦拭乾淨。轉動轉換器，把兩個物鏡偏到兩旁，並將鏡筒緩緩下降到最低處，反光鏡豎直放置。最後把顯微鏡放進鏡箱裡，送回原處。
